北部、北側、北方。

in the north of Tokyo：東京における北の中、つまり東京北部。

on the north of Tokyo：東京に接触した北の部分、つまり埼玉との県境。

to the north of Tokyo：東京から北へ向かう方向、つまり東京から離れた北方。

【追伸】
前置詞一つ気が抜けないのが長文読解や文法問題でもある。

…筆者、透佳(スミカ)